El sulfato de aluminio en estado líquido se manda por tuberías a mezclarse con el agua, en cantidades que dependen de la turbidez del Lempa. En época lluviosa, sobre todo cuando la presa El Guajoyo, en Santa Ana, hace sus descargas, la cantidad de bacterias coliformes fecales se dispara a tal nivel que se para la producción para no agregar exageradas cantidades del químico. Aunque algunos expertos advierten sobre el peligro del exceso de aluminio en el organismo humano, no hay datos suficientes que justifiquen la revisión de las directrices de la OMS sobre la exposición al aluminio.
Después de pasar el filtro de arena, el agua está lista para recibir el cloro que la desinfectará antes de ser enviada a San Salvador. A pesar de haber pasado por todo el proceso tiene algún grado de turbidez, supuestametne permitda por la norma salvadoreña obligatoria. El cloro, como desinfectante de agua, tiene la ventaja de mantener su capacidad de limpieza por largo tiempo, por lo que puede matar bacterias que entran en el sistema por fugas en el camino a las casas.